A fines del siglo XVI, se produjeron graves desórdenes contra los con-des de Ribagorza, instigados en gran medida por el propio rey que que-ría recuperar su poder sobre el condado. Los grausinos se pusieron del lado del conde y en 1587 la villa fue tomada por el bandolero catalán Mi-ñón de Montmellar que durante tres días sometió a la población a des-manes y saqueos, consiguiendo huir después, amparado en la oscuridad de la noche, por la Peña del Morral. Fueron finalmente y tras sangrien-tas luchas derrotados los partidarios del conde y recuperada así por el rey la plena autoridad sobre el antiguo condado.

También en el siglo XVI se inician las obras de la Basílica de la Virgen de la Peña, que prosiguieron impulsadas por el grausino Esteban de Es-mir, obispo de Huesca, quien favoreció también la construcción del cole-gio jesuita de Graus, en el que estuvo castigado en 1658 el gran escritor Baltasar Gracián y donde, según la tradición y la inscripción latina del retrato que del sabio se conserva en la iglesia parroquial, habría escrito unos años antes la segunda parte de su magna obra El Criticón. En este mismo siglo XVII, en la guerra contra Francia, además de enviar hombres al frente cercano, nuestra villa, a falta de cebada, tuvo que entregar sus reservas de trigo, destinadas al consumo humano, para alimentar al ejercito en su camino hacia el valle de Arán. En los años 1651 y 1652 , Graus, como toda la comarca, sufrió una terrible epidemia de peste que diezmó su población.

En la guerra de Sucesión de comienzos del siglo XVIII, la villa ribagorzana, al igual que la mayor parte de la Corona de Ara-gón, tomó partido por el pretendiente austríaco y se vio ocupada por las tropas borbónicas que destruyeron uno de sus an-tiguos puentes y convirtieron la localidad en base para sus siguientes operaciones militares.